1,3,5-三甲氧基苯为白色晶体固体，易吸湿变质，故包装需采用密封铝箔袋或铁桶，内衬防潮剂。标准包装规格为25kg/桶，便于叉车操作。
运输分类属UN编号为非危险品，但需避开高温和强光。陆运使用专用化工罐车，海运则要求IMDG代码合规，防止污染。
跨境物流中，关税和清关手续是瓶颈。欧盟进口1,3,5-三甲氧基苯需提供REACH注册证明，提前准备以缩短停滞时间。
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风险管理包括保险覆盖和实时监测。GPS追踪器可定位货物位置，异常时激活应急预案，如转运至最近仓库。
可持续物流趋势下，选择低碳运输模式，如铁路替。