高效液相色谱（HPLC）是检测3,5-二甲氧基苄醇纯度的首选工具，使用C18柱和甲醇-水流动相，检测波长254nm。
核磁共振（NMR）仪可确认结构，1H NMR显示特征峰于4.6ppm（苄醇-CH2）。企业可选用Bruker 400MHz设备。
气相色谱-质谱联用（GC-MS）适用于杂质分析，EI源下分子离子峰m/z 168。便携式工具如手持光谱仪用于现场快速筛查。
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滴定法测定酸值，使用KOH标准溶液。红外光谱（IR）验证官能团，O-H伸缩峰约3300cm⁻¹。
实验室软件如ChemStation整合数。