燃料电池组件易受振动和温度变化影响，因此运输需选用减震包装，如泡沫填充和定制托盘。国际标准如UN 3090要求分类为危险货物，需专业标签和文件。
温度控制是关键，尤其对质子交换膜（PEM）燃料电池。使用恒温集装箱维持-20°C至50°C范围，避免电解质降解。实时监控系统可追踪环境参数，及时干预。
跨境物流涉及多式联运，海运阶段需防潮防腐措施。选择经验丰富的物流商，能协调海关清关，减少延误。保险覆盖机械损坏和污染风险，提供额外保障。
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国内配送强调时效性。采用GPS追踪和EDI系统，实现端到端可见性。批量运输时，优化装。