供水系统的设计首先需评估用水需求。纯水机应与工厂的用水点匹配，设计管路布局以最小化水压损失，确保供水均匀。
材料选择是设计的关键。管道和阀门宜采用不锈钢或PVC材质，以耐腐蚀并防止二次污染。避免使用易生锈的金属材料。
自动化控制系统的集成能提升效率。通过PLC控制器实现实时监测水质和流量，自动调整纯水机运行参数，减少人为干预。
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备用系统设计可提高可靠性。在主纯水机旁设置备用机组，并配备储水罐，以应对突发故障时的供水中断。
环保考虑不可或缺。设计中应包括废水回收机制，利用反渗透产生的浓水进行二次利用，降低水资源消耗。