洁净车间的设计首先需参考ISO 14644标准，该标准定义了空气洁净度等级，从ISO 1到ISO 9，根据颗粒物浓度划分。设计时，应根据生产工艺选择合适的洁净度级别，例如制药车间通常要求ISO 5级。
空气流型是设计的核心，包括单向流和非单向流。单向流适用于高洁净要求区域，能有效排除污染物，而非单向流则更适合成本控制的低洁净区。设计师需计算风速和换气次数以维持正压。
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墙体、地板和天花板材料必须耐腐蚀且易清洁，如不锈钢或环氧树脂涂层。门窗设计应采用无缝连接，防止灰尘积聚。同时，照明和电气系统需嵌入式安装，避免突出结。